南京农业大学果树研究所是一个依托南京农业大学果树学科，专业从事果树学科研、教学、技术开发与应用推广工作的综合性研究机构。研究所现有教师23人，其中教授11人，副教授2人，14人曾在国外学习或进修1年以上，1人获国务院特殊津贴；1人入选江苏省双创人才；2人入选教育部新世纪优秀人才；2人入选江苏省“333人才工程”培养对象（其中第一层次1人）；1人入选江苏省“青蓝工程”优秀科技创新团队带头人，1人入选中青年学术带头人培养对象；1人入选江苏省“六大”高峰人才计划；1人获“中国青年科技奖”；3人入选南京市“321人才计划”。

研究所作为国家现代农业（梨）产业技术体系产业技术研发中心、国家果梅杨梅种质资源圃和江苏省果树品种改良与种苗繁育工程中心的建设依托单位。主要研究领域包括：果树种质资源与遗传育种；果树分子生物学与基因组学；果树栽培生理生态与生产技术；果树发育生物学与细胞信号转导。

近年来，研究所成员先后承担国家自然科学基金（重点项目、面上项目、青年基金）、国家现代农业（梨）产业技术体系、公益性行业（农业）科研专项、科技部科技成果转化项目、国家“863”、农业部“948”、教育部科技重点项目、高校博士学科点专项科研基金、江苏省自然科学基金、科技支撑、农业科技自主创新及“六大人才高峰”等国家、省部级项目100多项，科研经费总数6000多万元。在国内外学术期刊发表论文700多篇，其中在《Genome Research》、《The Plant Journal》、《New Phytologist》等刊物发表SCI论文近300篇，最高影响因子14.3。主编《梨学》、《园艺学总论》、《果树分子生物学》等系统性专著或教材10多部；累计申报专利70余项，获得授权的国家发明专利40余项，实用新型专利2项；审定梨、葡萄、梅等果树新品种12个；制定行业及地方标准近30项。相关研究成果“梨自花结实性种质创新与应用”获得国家科学技术进步二等奖，“梨高光效树形及花果管理技术研发与应用”获得教育部技术发明一等奖，并获得其他省部级科技成果奖励10多项。此外，“梨生殖生理与分子生物学研究团队”荣获中国园艺学会第二届“华耐园艺科技奖”。研究所与日本、美国、以色列、英国、加拿大、新西兰、意大利等国有关高校及科研单位建立并保持了良好的合作与交流关系。