2003年经国务院学位办批准，南京农业大学建立了我国农林高等院校中第一个医学门类的中药学（理学）一级学科硕士点。2004年设立药用植物二级学科博士点。
南京农业大学中药材研究所现有科研人员26名，其中教授11人，副教授10人，讲师4人，实验师1人。外聘兼职科研人员15名。专职科研队伍中具有博士学位21人、硕士学位5人，在读博士1人。
近五年，共承担本学科相关国家级科研项目20项（其中国家自然科学基金项目9项），省部级科研项目21项，其他横向科研开发项目18项；先后出版学术专著2部；发表本学科相关学术论文230余篇，其中在《PLoS ONE》、《Biochemical Systematics and Ecology》、《Pharmaceutical Biology》、《Nordic Journal of Botany》、《Acta Physiologiae Plantarum》等SCI源期刊发表论文30余篇，在《中国中药杂志》、《中草药》、《植物营养与肥料学报》等本学科重要学术期刊上发表论文170余篇；获省部级奖6项，国家发明专利授权15项。
根据中药产业的发展趋势，结合南京农业大学的农学和生命科学学科优势，确定了特色鲜明且相对稳定的学科方向，包括：（1）药用植物种质资源评价与创新；（2）中药资源化学与现代中药研究；（3）中药材安全与监控；（4）药用植物栽培与生理；（5）药用植物（动）物引种驯化。
中药材研究所着眼于为中药企业提供“高产、优质、安全”的中药材，在实践中发现科学问题，进行深入的应用基础研究，再用于指导生产实践。近5年来本学科点科研成果显著，与天士力集团，南京医药集团有限责任公司，广州医药集团有限公司以及河北以岭医药集团等国内重要中药制药企业合作，在药用菊花、夏枯草、水蛭等药用动（植）物的种质资源筛选与培育、规范化种植（养殖）等方面取得了标志性突破，解决了相关企业的优质原材料供应的难题。其中“水蛭人工驯化及繁育技术研究”于2005年通过了江苏省科技厅的成果鉴定。与石家庄以岭医药有限公司合作建立了目前国内最大的2000亩水蛭养殖基地，取得了良好的社会效益和经济效益。
学科带头人：郭巧生教授
